BepiColombo được đặt tên theo Giuseppe "Bepi" Colombo (1920–1984), một nhà khoa học, nhà toán học và kỹ sư tại Đại học Padua, Ý, người đầu tiên thực hiện cơ động lực hấp dẫn liên hành tinh trong nhiệm vụ Mariner 10 1974, một kỹ thuật thường được các tàu vũ trụ thám hiểm hành tinh sử dụng.

Nhiệm vụ này bao gồm ba thành phần, sẽ tách thành phi thuyền độc lập khi tới sao Thủy.[8]: Mercury Transfer Module (MTM) cho động cơ đẩy, được xây dựng bởi ESA; Mercury Planetary Orbiter (MPO) được xây dựng bởi ESA; Mercury Magnetospheric Orbiter (MMO) hoặc Mio được xây dựng bởi JAXA.

Trong giai đoạn khởi động và hành trình, ba thành phần này được nối với nhau để tạo thành Hệ thống Cruise Mercury (MCS).